计算模拟平台
ds案例 | 在抗体领域的j9九游会老哥俱乐部交流的解决方案——人/鼠pd-1交叉反应抗体的发现和结合机制的研究
j9九游会老哥俱乐部交流的解决方案 | 2019-06-28 13:41
通过discovery studio软件预测了人/鼠pd-1交叉反应抗体的结合模式，并辅助以实验验证，从而精细解释了具有人/鼠交叉反应抗体的交叉反应性机制，为后续pd-1抗体研发做出指导。
程序性死亡受体1（pd-1）是一种重要的免疫抑制受体分子，以pd-1为靶点的免疫调节在抗肿瘤、抗感染、抗自身免疫性疾病及器官移植存活等方面均有重要的意义。pd-1抗体是当前备受瞩目，广为关注的一类肿瘤疗法。考虑到pd-1抗体在治疗各种癌症中的重要性和广泛应用，文章作者希望开发同人/鼠pd-1有交叉反应的抗体以加速pd-1抗体的临床前研究。目前批准用于临床或正在研发中的pd-1抗体都只靶向人hpd-1，而并不显示与鼠mpd-1有交叉反应。因此，本文开发并首次报道了一种具有人/鼠pd-1交叉反应的功能性抗体，并将该抗体的表位与仅同hpd-1结合的抗体表位进行了比较。
文章作者首先用hpd-1和mpd-1免疫大鼠，通过筛选大量的大鼠杂交瘤克隆发现了既能靶向hpd-1又能靶向mpd-1的抗体r9和只靶向hpd-1的抗体r11。为了快速识别两个抗体的表位，本研究采用了丙氨酸扫描，并基于elisa和表面等离子共振技术。同时结合分子模拟的方法，采用discovery studio（ds）中modeler程序构建出了r11和r9抗体结构模型，并在此基础上使用ds_zdock/rdock蛋白-蛋白对接/优化程序，将这两个抗体与hpd-1进行了对接，预测了两种抗体不同的结合模式，研究了他们的结合表位，从而精细解释了具有人/鼠交叉反应抗体的交叉反应性机制。