讲座主题: 2020版本新功能介绍
讲座时间:2020年3月6日(周五),下午14:00
主讲人:罗芳(产品j9九游会老哥俱乐部交流的技术支持,生命科学部门)
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分子动力学模拟
新增multi-site lambda dynamics method(msld):用于计算大型类属库分子的相对结合自由能,更好地进行先导化合物的筛选优化;且可以用gpu计算;
图1:通过msld方法计算组合库中分子的相对结合自由能
新增显式膜结构的跨膜蛋白的分子动力学计算。提供多种类型的磷脂膜结构,同时支持自定义膜类型。
图2:在popc显式膜内溶剂化的herg离子通道
抗体理性设计
新增计算抗体黏度,蛋白溶解度;
优化predict humanizing mutations protocol(抗体人源化计算)参数,可以同时自定义重链(h)和轻链(l)的v基因和j基因。
药效团
新增ensemble pharmacophore generation:从一组活性配体生成一组共同特征的药效团。活性配体使用2d指纹进行聚类。对于每个聚类,从聚类中心选择5个配体,然后使用共同特征药效团算法创建药效团;
新增interaction pharmacophore generationprotocol:从受体-配体复合物的非键相互作用出发产生药效团模型。
第三方程序的更新
charmm版本更新至c43b2
modeler版本更新至v9.22
dmol3版本更新至v2020
抗体模板库更新至2019年7月
与最新发布的biovia 2020相兼容
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