每月初,创腾科技生命科学模拟技术部都会通过微信公众号定期总结 用户在软件使用过程中产生的一些具有代表性的问题。基于我们的工程师团队在分子模拟领域内十多年的经验,定期为大家带来实实在在的技术干货分享。
1. 在运用libdock做虚筛时,假如选择了100个不同的配体进行对接,设置每个配体保留前10个构象,这样最终就可能会有1000个对接结果,但是不想对每个结果都进行查看,只想看每个配体打分最高的结果应该如何做呢?
答:可以在表格窗口中鼠标右键点击filter,选择libdockscore,将choice设置为top(#),value设置为1,group by选择name点击ok就可以了。
2. 化合物经过lipinski’s五原则过滤后,为什么结果中会存在分子量大于500的化合物呢?
答:ds中number of violation allowed默认设置时1,意思就是当某个化合物违背五原则的个数小于或等于1时是可以被留下的。这个时候可以将number of violation allowed设置为0。
3. 活性位点定义好,想修改球体半径,应该怎么做?
答:先选中球体,然后鼠标右键点击“attributes of sbd_site_sphere”,再将窗口中的radius数值根据所需修改即可。
4. windows系统下如何重启服务器?
答:服务器装在本机一般是重启电脑,但是有的电脑设置时手动重启,所以先点击计算机图标——右键——管理——服务和应用程序——服务(选择biovia pipeline pilot x右键属性),将手动改成自动即可。
5. ds储存结果的默认盘内存不足,这是应该怎么更改默认路径。
答:先点击edit选择preferences再选择files explorer就可以看到select path for default folder。
6. 提交任务计算时总是报错、计算结果打不开是什么原因呢?
答:提交任务计算时总是报错、计算结果打不开等一系列莫名错误出现时,请检查电脑用户名、ds安装路径、输入文件存放路径中是否存在中文以及一些特殊符号,如有请修改后再次运算和查看结果。