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q&a | 2020年10月biovia discovery studio q&a精选
十一月精选
j9九游会老哥俱乐部交流的解决方案 | 2020-10-30 11:36
每月初，创腾科技生命科学模拟技术部都会通过微信公众号定期总结 biovia 用户在软件使用过程中产生的一些具有代表性的问题。基于我们的工程师团队在分子模拟领域内十多年的经验，定期为大家带来实实在在的技术干货分享。
本月的技术干货q&a分享我们将给大家带来在同源建模中常遇到的问题：
1. 进行同源建模时能否使用自己挑选和下载的多模板进行建模？如果可以，应如何操作。
答：使用自己挑选的模板可以直接将blast这步跳过，可以直接打开自己挑选的多个模板，然后在目标序列窗口任意位置，鼠标右键点击insert sequence，然后选择from windows，选中模板，点击ok即可。然后再将进行序列比对就可以了，剩余其他步骤都是一样的。
2. 同源建模无法进行load structure and alignment
答：可以通过菜单edit — preference更改一下pdb下载链接，把https改为http试试，或者http改为https。
3. 同源建模结束后，拉式图评估结果显示有氨基酸需要优化，应该怎么优化呢？
答：可以先通过结构查看不合理氨基酸是否在关键位置，如果不在可以不用优化，如果在关键位置，则可以根据氨基酸所在位置采用loop refinement、side-chain refinement、minimization或者分子动力学模拟优化也是可以的。
4. 同源模建时出现下述错误，该如何解决？
答：错误显示建模时使用的序列或输入文件中有程序不识别的字符，biovia 不能识别中文以及一些特殊符号，建议删除相关字符后再进行建模。
5. 想建模后的结构中带有辅因子，如葡萄糖氧化酶god带有黄素腺嘌呤二核苷酸fad，若基于一个已知的晶体结构(带有fad的god酶)，如何得到带有fad的自有序列的蛋白模型呢？
答：建模时选择带有fad的蛋白模板，建模参数设置copy from sequence即可。
